Comme je suis tout de même informaticien, je n'allais pas me faire @#?&! par une carte SD récalcitrante et un X100T.

Par curiosité, j'ai copié tout le répertoire DCIM sur mon PC. Et oh miracle, ce sont 2 répertoires qui apparaissent :
100_FUJI
101_FUJI
Dans le 101, je retrouve bien les photos "invisibles" par le PC, avec une numérotation qui commence à 1001.
Reste donc à savoir comment dire au X100T qu'il doit tout mettre dans un répertoire sans s'arrêter à 999.
Une idée sur la question