Le réglage de réduction du bruit ne concerne que les JPG.
Si tu ouvres dans un logiciel spécialisé ton fichier RAF, tu verras que ce réglage est cependant inscrit dans le fichier RAF, tout comme la simulation de film, les réglages H-Tone, S-Tone, ...
A ma connaissance, le seul logiciel sachant lire l'intégralité des informations contenus dans un fichier RAF (donc un RAW Fuji) est Fuji X Raw Studio. A l'ouverture de ton fichier RAF, les réglages de développement par défaut seront ceux du boitier au moment de la prise de vue mais tu pourras les modifier comme tu veux pour pouvoir développer autrement ton fichier RAF.
Les logiciels de dématricage les plus utilisés (LR, C1 par exemple) vont lire certaines informations contenues dans le fichier RAF comme les corrections de distorsions à appliquer mais ne lise pas le réglage de réduction de bruit. Au développement, ce sera donc à toi de définir quelle réduction du bruit tu souhaites appliquer.
Concernant l'échelle de réduction de bruit, manifestement, Fuji préconise le réglage 0 mais tu peux réduire ou augmenter cette réduction de bruit qui au final, ne s'applique réellement qu'à ton fichier JPG.