Les curseurs ne sont jamais neutres dès lors qu'un profil est appliqué ! Sur tes NEF Adobe LR applique son profil Adobe Standard ou bien le profil Nikon que tu as spécifié. Pour que les rendus soient proches il faut que les deux format appliquent le même profil ou des profils équivalents. Adobe Standard est censé être proche du profil Standard du fabricant. Pour Fuji il s'agit de Provia.
Fais l'expérience avec ton X100T. Tu shootes une scène en RAW + JPG, tu appliques Classic Chrome à ton JPG et aucune autre correction puis tu importes les deux. A l'ouverture regarde ce que LR a appliqué, si c'est Adobe Standard change le en Classic Chrome dans le panneau que je t'ai indiqué. Tu devrais avoir maintenant un rendu très proche entre les deux formats.
Maintenant, si tu veux que LR applique Classic Chrome à toutes tes futures importations, tu vas dans le menu Développement/Définir les paramètres par défaut/Mettre à jour les paramètres actuels. C'est magique...