S'il s'agit d'un problème avec Catalina il reste un espoir puisque dans le lien que cite Lepetitpiero je lis cela :
Ils ne disparaissent pas vraiment, les dossiers sont toujours là, tout comme leur contenu. D’ailleurs, vous pouvez les afficher normalement depuis une fenêtre de terminal, ce n’est pas une perte de contenus. Mais du point de vue du Finder, c’est tout comme : les dossiers sont considérés comme supprimés ou déplacés, ils n’apparaissent plus tout dans l’interface de gestionnaire de fichiers.
Il va falloir retrousser les manches et plonger dans le terminal, si les fichier manquants y sont visibles la solution serait peut être de les déplacer vers un autre dossier en espérant qu'il y soient visibles par le finder.